要了解灵芝子实体与菌丝体的区别，首先要知道灵芝的生长过程：孢子→菌丝体→子实体→释放孢子

先从肉眼可见的子实体说起，灵芝成熟时，伞盖会向外翻起，将孢子向外弹出，随风飘散的灵芝孢子，一旦落到适合环境的树上，便会开始萌发，慢慢长出一段只能在显微镜下才能看见的短小菌丝。

不断生长的菌丝，逐渐形成一个坚硬、扁平、可见的东西，称为灵芝的“原基”。子实体从此时开始发育，只要有适当的条件（如温度、湿度等），灵芝就有机会生长。

从灵芝的生长过程可以清楚的看出，灵芝菌丝体和灵芝子实体都是灵芝的产物，但是两者却有很大的区别，所谓菌丝体，类似于植物的根部；所谓子实体，就好比植物的果实。

因为灵芝不靠维管束输送水分和养分，只能靠菌丝体吸收养分，其实植物和根的体积是一比一，而灵芝子实体和菌丝体的体积则是一比十，也就是说，培育一株灵芝，大致需要菌丝体的十倍，这也是为什么市面上的灵芝产品，子实体比菌丝体贵好几倍的原因之一。

栽培方面，菌丝体可栽种在深层培养基（将糖类、淀粉溶解在水中）中，灵芝则栽种于其中，生产约需6天，从准备到采收全过程约需20天。

在原料获取方面，一般厂家往往将固体从液体中分离出来，再将固体用冷冻或喷雾干燥的方法干燥，然后研磨成粉末，就是菌丝体原料。它宣称菌丝体原料中含有最高的多糖。其实这样的多糖是灵芝菌丝的总多糖和培养液中的淀粉等糖类所含的多糖（淀粉也是无生物活性的多糖）。这样的总多糖和纯灵芝大分子多糖不一样，因为它们的分子结构和分子量差别很大。医学上证实具有提高或调节机体免疫力功能的多糖，都是指灵芝多糖。

灵芝子实体的人工栽培以木屑、米糠为原料，生长周期约100天，从准备到采收需近一年的时间。

因此对于菌丝体和子实体来说，培养方式不同，所需时间不同，花费的人力、物力不同，收获的原料也不同；特别是液体发酵和固体培养的生长发育不同，代谢产物也不同。例如具有药用价值的三萜类化合物，在液体培养中几乎不存在。

古书中的“灵芝”指的是子实体，子实体就是蘑菇，菌丝体是给子实体生长提供养分的东西，你选哪个呢？子实体和菌丝体虽然可以来自一个物种，但是从生物学上讲，它们是完全不同的，就如同“毛毛虫不是蝴蝶”、“蝌蚪不是青蛙”一样。无论是灵芝，还是蘑菇、草菇、金针菇，还是餐桌上的任何一种蘑菇，人类千百年来吃的都是子实体，而不是太空包里的菌丝体。子实体和菌丝体是截然不同的。

灵芝的好坏全由“子实体”决定！灵芝除了多糖和免疫调节蛋白外，还有不少次级代谢产物（如三萜类、灵芝酸、腺苷）；菌丝体的次级代谢产物就少得多，有效成分主要以菌丝体多糖为主。所以从有效成分的“种类”上，菌丝体要逊于子实体。但可以肯定的是，真正经过科学验证的灵芝多糖主要来源于子实体，而菌丝体多糖的功效相对不确定。而且在实际操作中，在临床应用中，吃灵芝子实体制品辅助抗癌通常有一定效果，而菌丝体制品吃起来效果就差很多。应该说，灵芝的好坏全由“子实体”决定。

子实体安全性较高，从保健食品分类来看，子实体在国外已有2000多年的食用历史，可直接食用，食用子实体是安全的；而菌丝体则是近几年才被发现，推向市场的时间很短，由于在发酵过程中可能存在细菌和毒素的污染，因此菌丝体在上市前需要经过毒性测试。

子实体的生产成本比菌丝体高得多，工业化发酵生产菌丝体具有成本低、效率高的优点，从接种到菌丝长满最多只需两到三周的时间。相对而言，灵芝子实体的生产难度要大得多，不仅生长期长达数月，而且由于木屑原料的价格逐年上涨，子实体培养基的成本也比培养菌丝体高得多；一个太空袋中培育一个子实体，需要几亩地。相比之下，菌丝体工业化发酵罐的产量就容易得多。在培育子实体的过程中，湿度、温度、通风、光照等许多条件都必须人工调节，还需要人工巡查，才能顺利出菇。

无论人力或电力需求如何，灵芝子实体的产量远高于发酵罐生产菌丝体，种植一个相同重量的子实体的成本约是种植菌丝体的十倍，这也是为什么市售的灵芝产品比菌丝体更贵的原因。